Tidigare i veckan hotade Nordkorea att skjuta ned amerikanska spionplan som kränker landets luftrum, efter anklagelser om aktivitet nära dess territorium. USA och Sydkorea har fördömt hoten.
De militära spänningarna i området har ökat det senaste året, i takt med allt fler nordkoreanska robottest och gemensamma militärövningar mellan USA och Sydkorea.
Roboten ska ha landat öst om Sydkorea, uppger Japans kustbevakning.