SMHI har uppgraderat varningen till orange under fredagen på grund av regn och snösmältning som har orsakat höga flöden i Svartån. Det höga flödet kan leda till översvämningar nära Södra stambanan, vilket kan påverka tågtrafiken.
Från måndag gäller varningen även för vattendragets del mellan Boxholm och Tranås.
Högsta nivån på 20 år
Höga vattennivåer har även märkts på andra platser i länet, med de högsta nivåerna i sjöarna Roxen och Glan på 20 år.
Ola Palmquist, affärsenhetschef vattenkraft på Tekniska verken, beskriver att det är fullt överallt och full fart på vattnet.
Under lördagsförmiddagen höjdes varningen till orange även i Stångån, och det finns risk att tågtrafiken på Stångådalsbanan påverkas.
Se bilder på översvämningen i Svartån i klippet ovan.