Belarusiskan fick medicinsk behandling för sina axelbesvär i det första setet men klarade inte av att fortsätta. Vid 1-5 i första set gick hon fram till nätet och tackade den 24-rankade ryska motståndaren på gräset. Det är första gången Sabalenka brutit en WTA-match.
Tiden är knapp fram till Wimbledon som inleds 1 juli.
Turneringen i Berlin har lidit av långa regnavbrott och kommit efter i tidsschemat.
För bara ett par dagar sedan meddelade Sabalenka, som vunnit de två senaste upplagorna av Australian Open, att hon hoppar av OS i Paris efter att kroppen känts sliten och att hon behövde vila inför höstens hardcourtturneeringar med US Open i augusti/september som höjdpunkt.
Strax efter Sabalenkas avhopp gav Ons Jabeur upp sin kvartsfinal mot Coco Gauff. Amerikanskan vann första set med 7-6(11-9) när tunisiskan kastade in handduken efter febersympton. Totalt har fyra topp tio-spelare brutit i Berlin.
