Under torsdagen begärdes männen häktade på sannolika skäl, den högre misstankegraden. De tre männen är i åldrarna 50-55 år, varav två är från Västsverige och en från Stockholmsområdet.
Två av männen misstänks för grova folkrättsbrott begångna i Syrien mellan juli och september 2012. Den tredje mannen misstänks för liknande brott från september 2013.
Männen greps tidigt på onsdagsmorgonen och anhölls senare under dagen.
Polisinsatsen genomfördes i samarbete mellan svenska och tyska åklagare och polis, med stöd från Europol och Eurojust.
