Den 59-årige ekonomen Mark Carney har tidigare varit Riksbankschef i både Kanada och Storbritannien.
Han var favorittippad inför skiftet och fick till slut ett enormt stöd med 85,9 procent av de 400 000 partimedlemmarnas röster.
Mark Carney tar över makten mitt under ett pågående handelskrig med landets nära allierade USA, som under den senaste tiden hotat med omfattande tullar på kanadensiska varor.
– Kanadensare står inför en existentiell utmaning från vår granne, sade den nu avsatta Justin Trudeau till partimedlemmar under sitt avgångstal i Ottawa under söndagen.
Efter över nio år vid makten meddelade Trudeau i januari att han skulle avgå. Detta efter ett växande missnöje mot honom, både inom partiet och från den kanadensiska befolkningen.
Allmänna val väntas även hållas i Kanada senare i år, där det just nu ser ut att bli ett maktskifte med det Konservativa partiet som starkast kandidat.